在日前揭晓的2004年度国家科技奖获奖项目中，南京大学喜获丰收：一家独得4项国家自然科学二等奖，位居全国高校首位，这是自1999年国家奖励制度改革以来南大创下的历年来最好纪录。至此，南大在2000年至2004年连续5年获得9项国家自然科学二等奖，这在全国高校中更是独一无二。
在“强”字上下功夫
南大在走内涵式发展的道路上，以树立科学发展观为指导，扬长避短，抓重点学科的建设，抓学科重点方向、重大科研项目、重点实验室和基地建设，近年来办学特色和学科优势明显增强。2003年起，南大启动创新基金，每年划拨500万元支持全校的7个国家重点实验室、5个省部级重点实验室建设。目前，这些重点学科和实验室，大体覆盖了数理化天地生等学科领域，较多的重点学科点和重点实验室相互支持、加强联系，形成带头学科、支撑学科及其相关学科的学科群协调、协同发展的格局。
近几年来，实验室的发展不仅成为学科发展的重要平台，也使南大的基础学科始终保持领跑地位。如在国家组织的5年一次的评估中，南大固体微结构物理实验室因为连续3次成绩优秀而获得免评；在9项国家自然科学奖中，有5项出自国家重点实验室或江苏省重点实验室……
在“和”字上做文章
南大校领导认识到，对建设一流大学来说，营造宽松民主、积极和谐的学术环境与氛围是吸引人才、留住人才、凝聚人气的高效粘合剂。
“985”一期建设3年来，南大补充引进教师近400人，其中具有博士学位的占到一半以上，从国外引进的近100人，高层次人才引进比例大为增加。2003年5月，南京大学正式向海内外发出公告：新增149名教授和149名副教授岗位，全部面向海内外公开招聘。
南大的发展，既离不开在国内外有广泛学术影响的学术大师和学术带头人，更离不开一批优秀的学科梯队和创新群体。经过“985”建设，南大60多个博士点中大部分学科均有1～2位在国内外具有一定影响的中青年学科带头人或学术骨干。全校1700余名专任教师中有26名院士、500余名博导、36名长江学者奖励计划特聘教授、70位国家杰出青年基金获得者、4个创新研究群体……
在“新”字上出成效
有了一流的学科，一流的队伍，还要有创新的思路和方法，才能让这些宝贵的资源在竞争中绽放异彩，结出喜人的硕果。
1987年，时任南大配位化学研究所所长的游效曾院士主持在南京召开的第25届国际配位化学会议时，对用物理方法研究分子之间的相互作用有了更新的思考。近十年间，他基于电荷转移和超分子组装原理，以光电物理功能为导向，率先在我国提出了“光电功能配合物”这一新的分支学科，为从分子水平上建立具有我国特色的配位化学研究探索了一条新路。在多维配位空间的组装和电子给予—接受体系的光电功能研究方面取得的这一创新性成果，获得了2004年国家自然科学二等奖。
此外，南大化院教授薛奇等人完成的“有机杂环化合物在金属表面的化学及电化学聚合”项目中，通过杂环化合物界面反应提高高分子/金属界面粘结的技术，已应用于复合材料的分子设计，该项成果已获得中国发明专利6项。
创新是南大每一项科技成果的灵魂。南大在基础研究工作中力戒浮躁、看准方向的同时，也注重面向国民经济建设主战场，从基础研究向应用领域延伸，在原理、技术、方法进行源头创新，为开拓高新技术产业之路奠定了坚实基础。
