2005年1月-3月，多家媒体掀起了一场由院士、学者、环保人士、普通市民等参与的大辩论：人类要不要敬畏大自然。
　　印度洋大海啸之后，2005年1月6日在《南方周末》发表的文章《人类面对自然和自己的态度》称：“灾难警示我们在自然面前应保持必要的谦卑与敬畏，而不是把她作为一个予取予求的对象或者一个可以‘战胜’的对手。”而中科院院士何祚庥《人类无须敬畏大自然》一文在《环球》杂志发表更是点燃了争论的导火索。
　　1月25日中国科学院资深院士、著名理论物理学家何祚庥，27日环保人士廖晓义和汪永晨、清华大学教授赵南元、中学生馨儿作客新浪聊天，就此论题展开激烈辩论。>>专题 >>评论

　　3月28日，人民日报率先报道了圆明园铺设防渗膜，引起了社会各界的强烈关注。
　　4月1日，圆明园生态与遗址保护研讨会在友谊宾馆举行，研讨会逐渐“演变为声讨会”。4月13日，国家环保总局举行圆明园遗址公园湖底防渗工程听证会，引起了全社会的巨大关注。
　　圆明园防渗事件争论了3个多月，最终由清华大学有关部门提交的《圆明园东部湖底防渗工程环境影响报告书》通过了国家环保总局的技术评估，并于7月5日正式公布。报告得出的结论是“防渗没错，只是应该优先采用更适宜的防渗材料和措施”。
　　8月15日，圆明园福海景区的防渗整改工程正式开工。圆明园将施工现场严严封住，不让游人参观。>>专题 >>评论

　　世界著名华人数学家丘成桐一直批评在我国中小学推行奥林匹克数学竞赛，直言“奥数”培养不出大数学家。
　　很长一段时间以来，只要能在“奥数”全国比赛中取得名次，就可以免试进入北大、清华这样的一流学府深造。中小学“奥数班”过于火热，并且日趋功利化和低龄化，已对全面提升素质教育产生了不利影响。
　　2005年3-4月，北京、广东、河北、浙江、江苏等地纷纷出台有关规定或采取措施，禁止举办收费的“奥数班”和叫停奥赛。这一举措引来社会强大的关注和争议。>>专题 >>评论

　　2005年3月28日，中国五大国家科学技术奖揭晓。连续6年空缺的“国家技术发明奖”终于实现“零”的突破。抛开对历史的沉迷和虚无的骄傲，以客观、诚实的态度来看，目前的中国科技，与西方国家相比，在投入、发展现状和实力等方面都差得很远，中国科技在世界上的地位仍然比较低。
　　技术发明，对于当代中国人而言，真就那么难吗？摆在中国面前的，仍然是那道著名的“李约瑟难题”。
　　著名物理学家何祚庥院士、北京大学哲学系副教授刘华杰、著名反伪斗士司马南于6月6日15点-16点做客新浪网，就“东方思维能否拯救中国科技”论题展开辩论。>>专题 >>评论

　　今年九月，首届世界UFO大会大连召开，中科院南京紫金山天文台研究员王思潮，在会上首次对中外媒体透露：经过24年的潜心研究证实，1981年7月24日22时33分至52分，在中国甘肃、四川、内蒙古等地出现的螺旋状、扇状不明发光飞行物，已经完全排除了自然现象的可能，基本排除“人类发射飞行器”的可能，由此表明此UFO可能是与外星智慧生命有关的特殊飞行器。
　　对此，著名科学打假人士方舟子发表发表了数篇文章批驳王思潮光凭热情、缺乏严谨，王思潮也回应方舟子，称方舟子曲解了我的观点，由此引起了一场关于UFO真相的口水论战。>>专题 >>评论

　　世界首例换脸手术在法国取得成功后，引起全世界强大关注和争议。换脸人像谁，它会引起哪些社会麻烦？伦理法律问题如何解决？目前技术是否成熟？
　　正当人们议论纷纷的时候，世界上其它国家的医生同行们早已跃跃欲试。除了美国正在积极进行“换脸”手术的准备外，英国也表示，他们争取在一年内完成一个彻底的“换脸”手术。
　　在中国，北京、南京、上海相继招募“换脸第一人”，就在换脸手术在全国骤然升温的同时，我国著名整形外科医生陈焕然博士则对换脸手术提出了质疑。著名整形医生陈焕然博士于12月29日做客新浪聊天，就换脸手术话题与网友交流。>>专题 >>评论

　　最近在网上，一个名叫郑奎飞以及他所提出的“人体冷冻复活理论”引起极大争议，郑奎飞声称自己的人体冷冻复活计划是继曼哈顿、阿波罗、人类基因组之后的世界第四大科学计划。并称，前三大科学计划是美国提出的，主要是在美国完成的，第四大科学计划将由中国来倡导，主要在中国完成。
　　对于郑奎飞提出的所谓“人体冷冻复活计划”，支持他的人声称他甚至有可能获得诺贝尔奖，关于他的人物传记《郑奎飞传奇》即将出版，他将成为中国人物传记类中最年轻的人物；反对者则认为他只是一个利用科学幻想来骗人的江湖骗子。>>专题 >>评论

　　近百年来“水怪”的传说始终是一个悬而未解的谜题。无论是苏格兰的尼斯湖，还是我国的长白山天池、新疆的喀纳斯湖以及四川的列塔湖等等，“水怪”出没的传说一直不绝于耳，却又始终扑朔迷离、难辨真伪。到底有没有水怪，一直以来是一个有争议的话题。
　在我国有多处水域发现水怪之事，那些目睹过水怪的人，除了惊奇还有恐惧，那些肇事的湖水也因此披上了神秘的面纱，那么目击者都看到了什么，水怪到底怪不怪？在科学气息浓郁的21世纪，应该不会有谁轻易相信神鬼的谬论。>>专题 >>评论

　　12月中旬，两年一度的两院院士增选结果即将揭晓，当此关口，一场关于“院士制度存废”的争议，猛然袭来。 
　　11月16日，在上海举行的“院士圆桌会议”上，周光召院士建议，取消现行的院士制度。周光召乃中国科协主席、中国科学院前院长，其身份显赫，此言一出，顿时引起外界关注。
　　每两年增选一次的两院院士评选相继揭晓，各界对院士制度的反思、质疑也到达了一个前所未有的激烈程度。邹承鲁、周光召、汪品先等院士对院士制度的种种弊病，进行了很多评判，还有学者从院士制度的沿革分析讨论院士制度的“存废”。>>专题 >>评论

　　2006年1月13日，英国《经济学人》周刊发表了一张1418年的中国古代地图复制本，地图有中文说明，勾画出美洲、非洲和欧洲位置。由于古代中国航海家郑和于1405年至1433年间七度下西洋，若这张源自1418年的地图获证属真品，将进一步证明发现美洲的是郑和而非哥伦布。 
　　此报道一出，立即引起全球数百家媒体争相报道，这张地图引起了世人极大关注，同样也引发了激烈争论。
　　但全世界绝大多数专家稍经鉴定就指出，在这张深具颠覆性的地图上，却发现了众多违反历史事实的疑点。甚至有学者怀疑，这张地图根本就是现代不法奸商根据旧地图以及一知半解的历史知识炮制的伪造品。>>专题 >>评论