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分析:人类基因组草图”的背后


http://www.sina.com.cn 2001年03月21日 13:30 光明日报

  不久前,美国赛莱拉公司在华盛顿正式宣读了已发表的关于世界上第一个完整的关于人类基因组草图的论文,研究结果表明,人类基因总数为3万个左右,为人类医学新发展提供了崭新的、激动人心的前景。

  赛莱拉公司测定的基因序列覆盖了95%以上的人类基因组,它的核心分析方法被称为“霰弹法”,而人类基因工程则采用了“克隆法”。霰弹法是一个高度计算机化的方法,它
是先把基因组随机分成已知长度的片段,然后用数学算法将这些片段组装成毗邻的大段并确定它们在基因组上的正确位置。克隆法则是先复制大段的人类基因序列,然后将它们绘制到基因组的适当区域。这种方法需要研究人员在早期把更多的时间和精力放在克隆和绘制草图上。而赛莱拉公司的霰弹法则是后期需要做大量的计算工作,因此,塞莱拉公司需要全球最为强大的超级计算动力。AlphaServer的加入使赛莱拉如虎添翼。

  赛莱拉公司基础设施技术副总裁说:“AlphaServer技术是我们加速人类基因组排序工作中不可或缺的一个组成部分,它把我们乐观预计的研究时间足足缩短了两年。我们的基准测试显示,Alpha处理器使系统性能水平提高了72%。这些采用新处理器的AlphaServer系统将进一步加速我们在生命科学领域的重要研究工作的进程。”

  配置833MHz处理器和32GB内存的AlphaServerES40系统以4536名用户和1.23秒的响应时间创下了新的Oracle应用程序基准测试记录,这一成绩是参赛的其他服务器所能达到的最高性能水平的两倍还要多。它充分证明,康柏的AlphaServer平台与运行在Oracle8i数据库上的Oracle电子商务包相结合,能够焕发出巨大的威力,为用户提供无与伦比的电子商务性能。

  美国国家能源部Sandia国家实验室、赛莱拉公司和康柏公司计划到2004年,联手开发出新一代的超级计算机。而这个项目的初始技术平台将采用配置有新833MHz微处理器的AlphaServerES40系统。这个处理速度高达每秒100万亿次的超级计算机将被用于开发生物研究计算领域以及生命科学研究适用的应用。付雪



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