新冠病毒被正式命名为SARS-CoV-2,命名乱象终止

新冠病毒被正式命名为SARS-CoV-2,命名乱象终止
2020年02月12日 10:02 钛媒体

原标题:新冠病毒被正式命名为SARS-CoV-2,命名乱象终止

新冠病毒渲染图(来源:科学图片库)

新型冠状病毒(以下称新冠病毒)和新冠肺炎有了国际化的新名字,但是,这一新的名字印证了“吹哨人”李文亮最初的说法,并为其正名。

北京时间2月11日晚,国际病毒分类委员会的冠状病毒研究小组(CSG)在医学类预印本发布平台 medRxiv 发表最新关于新型冠状病毒命名的论文,正式将新冠病毒从“2019-CoV“,正式命名为”SARS-CoV-2"(预印本是尚未经过同行审阅或发表在科学期刊上的论文版本)。

如果你仔细发现的话,这一命名与 SARS-CoV 有点相似,这一新名称反映了 2019 新冠病毒与导致 2002-2003 年 SARS 疫情爆发的冠状病毒之间的遗传与相似性。

另外,在该篇论文发布前两个小时,世界卫生组织(WHO)也将“新冠肺炎”疾病重新命名,总干事谭德塞在日内瓦的全球研究与创新论坛上宣布,将新型冠状病毒所致的疾病,也就是新冠肺炎疾病,正式命名为“COVID-19”。谭德赛解释称,“Co”代表“冠状”,“Vi”为“病毒”,“D”为“疾病”,而 19 代表为这一疾病最初的病例是在 2019 年发生的。

WHO 宣布对新冠肺炎进行正式命名

“拥有名称很重要,可以防止使用其他可能不准确或带有耻辱的名称。”谭德赛表示,“这为我们提供了一种标准格式,可用于将来的任何冠状病毒爆发。”

如无意外的话,根据 WHO 和 CSG 对中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV) 的命名时间规则,这次的新名称是永久性的正式名称,此后将使用新的名字,来引导大众对于疾病信息的传播,并遏制住该流行病的蔓延态势。所以,这两个名字是十分重要的。 

我们再重温一遍新冠的两个名字,希望不要弄混了:

新冠病毒命名为 SARS-CoV-2

新冠肺炎疾病命名为 COVID-19

“新冠病毒”命名乱象:中文多次更名,英文地域歧视

事实上,由于这次新冠肺炎疫情发生的比较突然,2019 新型冠状病毒也比较“新颖”,尽管在 2019 年 12 月开始出现,但到了今年 1 月 20 日,由于“人传人”说法被确定,这一疫情才被重视,新冠病毒的统一命名被提上了日程。

钛媒体整理后发现,如果按照疫情从发现到爆发的时间轴的话,新冠病毒与新冠肺炎,之前共发生8次更名过程,命名异常混乱。 

1、不明原因的病毒性肺炎:2019年12月中旬开始,在湖北省武汉市开始传播一种不明原因的感染性肺炎疾病。12 月 30 日 17 时 48 分许,李文亮在一个150人左右的同学群中发布信息称:“华南水果海鲜市场确诊了7例SARS,在我们医院急诊科隔离”。同一天,武汉市卫健委印发的《关于做好不明原因肺炎救治工作的紧急通知》也在网络上流传,其中要求严格信息上报,并强调“未经授权任何单位,个人不得擅自对外发布救治信息”。

直到今年1月3日,卫健委召开发布会,对《武汉市卫健委关于不明原因的病毒性肺炎情况》进行了通报,首次将该疾病被命名为“不明原因的病毒性肺炎”。

2、武汉肺炎:当疫情最初发生之后,以长江日报为首的官方媒体,为了更好的统一宣传,将“不明原因的病毒性肺炎”简化成武汉肺炎,显示出疫源地和疾病类型,直到1月20日之后,这一说法统一更改为“新型冠状病毒感染的肺炎疫情”。

3、新的冠状病毒(Novel Coronavirus):2020年1月7日,中国疾控中心(CDC)方面对通过主动病例搜索和回顾性调查发现的所有疑似病例开展了实验室检测。已排除流感、禽流感、腺病毒、严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)、中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)等其他呼吸道病原体为这次疫情的病因。经实验室分离、鉴定,并最终确定,它是一种新的冠状病毒(Novel Coronavirus,简称 nCoV)。

在2020年1月11日和12日,国家卫健委对世卫组织进行公开了本次疫情有关的更多详细信息,并于当日分享了这种新的冠状病毒的基因序列信息。

4、2019-CoV:日内瓦当地时间1月30日,世界卫生组织(WHO)在其发布的新型冠状病毒最新疫情报告中,建议将新型冠状病毒感染的肺炎命名为“2019-nCoV 急性呼吸疾病(2019-nCoV acute respiratory disease)”,病毒命名为 2019 新型冠状病毒(2019-CoV),当时世卫组织称,这是批准的临时命名,最终名称将由国际病毒分类学委员会决定。

最终,2019 新型冠状病毒(2019-CoV)名称沿用至今,其中,“2019”代表首次出现的年份,“n”意为新发疾病,“CoV”代表冠状病毒。

5、新冠肺炎:除夕前后,人民日报、财新等媒体,在对新型冠状病毒感染的肺炎疫情报道中,标题字样变成“新冠肺炎”和“新冠病毒”等,并首次提出这一简化后的新命名,并被全网媒体所采纳,后被国家卫健委证实“新冠肺炎”是这一疾病的暂命名。

6、SARI:来自谣言 “新型冠状病毒被命名为SARI,是SARS的进化”,后来被媒体辟谣,简单来说,SARI 是“Severe Acute Respiratory Infections”的缩写,即“严重急性呼吸感染病例”,并不特指新型冠状病毒感染所致肺炎。

7、中国武汉肺炎/病毒:随着疫情的全球肆虐,不少外媒称该名字为“Chinese Virus”,而在一些研究成果论文当中,我们可以看到 Wuhan-CoV 说法,并与 SARS、MERS 病毒序列进行比较。

8、NCP:今年2月8日,国家卫健委在当日“国务院应对新型冠状病毒肺炎疫情联防联控”发布会上宣布,决定将“新型冠状病毒感染的肺炎”暂命名为“新型冠状病毒肺炎”,简称“新冠肺炎”;英文名称为“Novel Coronavirus Pneumonia”,简称为“NCP”。在国家卫健委官网中明确表示,这是“暂命名事宜通知”。

如今,新冠病毒和新冠肺炎的命名乱象终于尘埃落定。在 WHO 和 CSG 的指定下,新冠肺炎和新冠病毒的新命名为“COVID-19”和“SARS-CoV-2”

与 WHO 对新冠肺炎疾病命名不同的是,CSG 是通过论文方式首次公开了新的命名规则。根据该论文的说法,SARS-CoV-2 这个新名字,将增进对新冠病毒与宿主之间相互作用的理解,并对未来新冠肺炎疾病的全面爆发做着准备。

CSG 表示,这次新的命名,与之前 2019-CoV 名称相比,较为准确的指定由这种特定病毒感染的人类所引起的疾病(或临床表现谱),与 SARS 的关系,而以“ 2019-nCoV”为名的术语“新型”也可能表示该基因组与其他(先前已知的)冠状病毒之间的基因组不完全匹配。

病毒学家一致认为,由于新的冠状病毒基因序列已经确定,新基因组变化并没有引起宿主转换,并且疾病和宿主范围都不能用于可靠地确定病毒的新颖性(或同一性),所以需要采用新的命名。

论文中表示,SARS-CoV-2 这一新的命名是有实验依据的。

我们知道,RNA 病毒作为共同进化的紧密相关实体(定义序列的变异,单倍型)的群体而存在,它们的基因组序列是体内不断进化的合作种群的共有显示,在单个感染者中会随着时间变化,病毒学家将两种具有不同但相似的基因组序列的病毒视为同一病毒的变体。在实践中,CSG 通过评估候选病毒与同一宿主的先前已知病毒或已建立的单系统病毒组(通常称为基因型或进化枝)(可能包括或不包括不同宿主的病毒)的相关程度,通过筛选与决定得出,新冠病毒与 SARS 并不是同一种病毒,两者有明显区别,但可以肯定的是,SARS 和这次爆发的新冠病毒属于同一类型病毒。

冠状病毒的新颖性是“SARS-CoV-2”命名由来

在 21 世纪,研究冠状病毒(一种脊椎动物的包膜正链 RNA 病毒家族)的病毒专家(科研人员)多次遇到了冠状病毒新颖性的问题,其中两次是在引入严重甚至威胁生命的疾病时出现的人畜共患病的疾病种群:分别是 2003 年在中国广东省爆发的严重急性呼吸系统综合症(SARS),以及 2012 年在中东地区爆发的中东呼吸综合征(MERS)。

这两次爆发,都是突然来到人类当中的,并非是研究人员提前可以预知,在经过实验室分离、鉴定之后,通过基于序列的家族分类来命为SARS和MERS,来解决命名这一重要的问题。

事实上,这两次疫情事件,都将病原体最初称为新的人类冠状病毒,在此后,都是通过相似结构进行命名,就像本次爆发期间的SARS-CoV-2一样。

目前,冠状病毒的分类包括 15 个可用等级中的 8 个类群,它可以识别 27 个亚属,5 个属和 2 个亚科。它们属于冠状病毒科(Coronaviridae),科尼多病毒科 (Cornidovirineae),尼多病毒科(Nidovirales),域 Riboviria(核糖病毒)。

而这次病毒是新型冠状病毒,根据中国疾控中心的说法,属于套式病毒目、冠状病毒科、冠状病毒属,是一类具有囊膜、基因组为线性单股正链的 RNA 病毒,是自然界广泛存在的一大类病毒。

关于新冠病毒命名,都是由国际病毒分类委员会的冠状病毒研究组(CSG)执行的,该研究组是国际病毒分类法委员会(ICTV)的工作组。CSG 负责通过评估病毒与已建立分类单元中已知病毒之间的关系来评估病毒的新颖性,就本文而言,特别是在与严重急性呼吸综合征相关的冠状病毒物 种的背景下,CSG 负责评估病毒的新颖性,并且将新的病毒进行命名,成为 WHO 引用病毒的命名。

新冠病毒和新冠肺炎之间命名来源区别

目前,WHO命名的是病毒所感染的疾病,而也就是说,WHO命名的是病毒所感染的疾病名称,而CSG是对病毒本身的统一性命名。

事实上,这一命名背后,是有着复杂的鉴定、规范性流程的。根据论文所述,要了解与严重急性呼吸系统综合症相关的冠状病毒和SARS-CoV之间的区别,即物种与病毒之间的区别,需要新冠病毒在几种冠状病毒下进行测试观察,研究它们之间的关系,以及病毒宿主来源之间的区别。 

在观察时,CSG研究人员发现,新冠病毒的基因组序列与 SARS-CoV-Urbani 是同一个,尽管新冠病毒与 SARS 病毒本身不同,但是这种与之平行,超出了新语境,并且具有生物学意义,尽管该概念在病毒学中的扩展尚待开发和全面测试。 

CSG使用了比较基因组学的计算框架,用专门知识和工具来评估个体之间的差异。该框架由与 Nidovirales 顺序的分类和命名有关的几个研究组共享,并由 Nidovirales 研究组进行了协调。研究小组量化并划分了冠状病毒基因组的开放阅读框中编码的最保守的复制蛋白的变异以鉴定划分成对的阈值不同级别的病毒簇。

研究过程中,CSG科研人员发现,严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒和 Beta 冠状病毒属物种中的 SARS-CoV-2 与 SARS-CoV 簇聚,而在不同的研究中,尽管 SARS-CoV-2 与最紧密相关的冠状病毒之间的距离估算值会有所不同,具体取决于测量方法(核苷酸或氨基酸)的选择和基因组区域。但两者之间,是存在一定联系的。

因此,研究人员对包括 2505 种冠状病毒的数据集进行合并分析时发现,2019 新型冠状病毒(2019-nCoV)可以被指定为严重急性呼吸综合征相关冠状病毒,也就是SARS-CoV-2。并且,CSG认为,该物种的已知病毒的基因组变异与其他相对良好采样的物种(例如,由 MERS-CoV,HCoV-OC43 和 IBV 原型化的病毒)相比,差别较小。 

根据该物种中病毒命名的惯例以及物种树和距离空间中 SARS- CoV-2 与原型 SARS-CoV 的相对较远的关系(图 2B 和 4),CSG 重命名为 2019- nCoV 到 SARS-CoV-2。

而严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒物种的这两个特征都有助于将 SARS-CoV-2 明确分配给该物种,对其后续研究有帮助。

由SARS-CoV-2引发的疾病被命名为COVID-19

以上结果表明,就分类学而言,SARS-CoV-2 是(仅)严重急性呼吸综合征相关冠状病毒物种中的另一种病毒。在这方面,该病毒的发现与21世纪引入人类的其他两种人畜共患冠状病毒 SARS-CoV 和 MERS-CoV 的描述有很大不同。根据两个非正式物种的原型,该研究小组认为新的冠状病毒是冠状病毒属的一个亚类。这些病毒及其类群被赋予了新的名称,其来源反映了相应时间的实践和病毒分类的状态。

与 SARS-CoV 相比,SARS-CoV-2 的名称并非源自SARS疾病的名称,并且绝不应该使用它来预先定义疾病的名称(或谱图)由人类 SARS-CoV-2 引起的疾病,这将由 WHO 决定,也就是新命名的 COVID-19。

SARS-CoV-2 的可用流行病学和临床数据有限,表明该病毒和 SARS-CoV 的疾病图谱,传播方式可能有所不同。同样,用于确认 SARS-CoV-2 感染的诊断方法与 SARS-CoV 的诊断方法也不相同。这反映在针对 SARS-CoV-2 / 2019-nCoV 的针对公共卫生从业者, 医护人员和实验室诊断人员的具体建议中。通过将新型冠状病毒与其他人类与动物之间引起的疾病名称区分开来,CSG 希望以最适当的方式帮助 WHO 命名病毒。

为了促进良好实践和科学交流,CSG 建议研究人员描述该病毒和该物种中其他病毒的新分离株时,采用新的命名法则。为了促进通信,CSG 还建议对单独的新冠病毒隔离株使用以下命名:SARS-CoV-2 /隔离株/宿主/日期/位置,但与人类 SARS-CoV-2 感染相关的临床表现谱还有待确定。

新冠病毒与SARS之间的区别与联系

这一次新的命名,尽管在论文当中,CSG 表示新冠病毒与 SARS 病毒并不相同,种型不一致,但与李文亮最早提出的“SARS"、"隔离“等说法不谋而合,从上面论文叙述看,两者也都是十分相近的病毒类型,存在一定联系的。

一个月前的12月30日17时48分许,李文亮在一个150人左右的同学群中发布信息称:“华南水果海鲜市场确诊了7例SARS,在我们医院急诊科隔离”。

根据国家卫健委最新发布的《新型冠状病毒感染的肺炎的诊疗方案(试行第五版修订版)》与2004年发布的《传染性非典性肺炎(SARS)诊疗方案(2004版)》相比,新冠肺炎在预防、检测、治疗等场景的手段,与17年前的 SARS 极为相似,在央视报道中,也多次用“17年前的宝贵经验”等词语,对这次疫情进行表述。

在临床上,都使用(广谱)抗病毒药物,都使用糖皮质激素,严重病患就需要上 ECMO,一切都如此相似。

但是,由于新型冠状病毒传播路径一直无法完全确定,让两者在其他部分存在未知,也是这次命名上的一个挑战。

新冠病毒的临床特征包括以发热、乏力、干咳为主,少数患者伴有鼻塞、流涕、腹泻等症状,潜伏期一般是 1-14 天之间,在潜伏期之间就会传染且发病,潜伏期内无症状也会有传染发病危险,传播形式主要包括飞沫直接传播、接触传播等。根据钟南山所领衔的论文当中表明,新冠肺炎发热并不明显,胃部残留病毒,粪口、气溶胶传播尚不明确。

而 SARS 的临床特质主要以持续性高热为主,可伴有畏寒、肌肉酸痛、关节酸痛、头痛、乏力。部分病人出现腹泻、恶心、呕吐等消化道症状。SARS的潜伏期通常限于2周之内,一般约2~10天,潜伏期无症状不发病,只要有了症状就会大范围传染。传播途径包括飞沫、接触、气溶胶和粪口传播,血液传播等尚不明确。

一般来说,SARS 临床上是“起病急”,而新冠病毒属于“自愈性”,充分是要考虑自身抵抗力,尽管病毒死亡率低于 SARS,但传染力要远远高于 SARS。

事实上,这次提出的新命名将对于随后的流行病学和其他研究以及控制措施至关重要。无论如何,病毒(疾病)的命名目的是更利于世界各国的疫情研究、防治沟通。

或许这次之后,新冠病毒整体防治工作,会有一个新的方向,与SARS结合,为尽快打赢疫情攻坚战做着科学化的努力。(本文首发钛媒体,作者/林志佳)

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