少林寺的殿堂院落，不下数十间，其中主要的院落群，即少林寺内部的部室，有以下十种：(1)罗汉堂进山门后第一眼能看到的便是罗汉堂，这是大多数少林弟子习武修行的地方。罗汉堂首座应是达摩院八大高僧中拳法最高的一位。

　　(2)般若堂般若堂主要专研掌法、抓法等。般若堂首座应是达摩院中掌法和内功最高的一位，他修习的内功是“降龙伏象功”。

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　　(3)菩提院菩提院主要专研刀法和各类特殊兵器、武功。菩提院首座应是达摩院中刀法和佛法最高的一位，他修习的内功是“菩提心法”。

　　(4)戒律院戒律院是惩罚犯戒弟子的地方。主要修习的是诸般擒拿手和普门杖法。院中弟子有两大职能，即持戒和守律。持戒僧的职责是降服犯戒弟子。守律僧的职责是为犯戒弟子定刑和宣扬本寺律法。

　　(5)证道院证道院是少林高僧修行佛法的地方，凡是能入证道院，一定是在佛法上有了相当的造诣。证道院不传武功，只传佛法。

　　(6)忏悔堂忏悔堂是给犯戒弟子关禁闭的地方。该堂弟子必须是严守本寺戒律的，武功在戒律院中属中游水平的。

　　(7)药王院药王院主要研究少林寺的传统医术，药王院首座是全寺最精通医道的高僧，他的职能是为受伤的少林弟子治疗。

　　(8)舍利院舍利院是超度圆寂高僧亡魂的地方。凡是寺中有道高僧，死后都将进入舍利院火化，然后将其骨灰藏于寺后塔林之中。舍利院弟子还兼负全寺的清扫等勤杂事务，因此院中弟子大都武功低微。

　　(9)藏经阁藏经阁拥有全寺所有的武学秘笈和佛学经典。藏经阁弟子的主要职能是在阁外看守经楼。藏经阁首座是寺里资格最老的僧人，并且不会武功。

　　(10)达摩院进入达摩院是寺中武僧的最高荣誉。达摩院只有八个席位，集中了全寺武功最高的八位大师，主要研究本派最精奥的武学。达摩院首座成为下一代少林方丈的可能性最大。