SGI高性能计算和可视化技术助力SARS研究 | ||
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http://www.sina.com.cn 2003年06月04日 13:28 赛迪网 | ||
【赛迪网讯】近日,SGI宣布为国内两家主要SARS病毒研究机构:中科院基因组生物信息学中心(北京华大基因研究中心)和上海药物研究所提供最新的SGI Origin系列超级计算机以及相关可视化系统,以期利用SGI在超级计算和分子结构模拟与显示领域的独特技术,加速国内对SARS病毒染色体的研究和相应疫苗及特效药的开发。目前,上海药物研究所已经成功构造了一定数量的SARS病毒蛋白质的3D模型,并利用潜在药物化合物数据库对病毒蛋白质进行了虚拟显示。 SGI向上海药物研究所提供了一台配置64个处理器的SGI Origin 3800超级计算机、一台配置4个处理器的SGI Origin 3200系统和15台SGI图形工作站。这些设备可以模拟和显示数以百万计的分子结构,并从中开发可抗击SARS病毒的化合物。SGI Origin服务器主要依靠著名的NUMAflex超级计算架构、共享内存和OpenGL应用软件系统来处理数据密集型的虚拟显示应用,同时存储诸多大型化学数据库。针对SARS病毒可变异的特性,Origin超级计算机将用于绘制病毒突变部位,创建数据集来描述变异蛋白质的精确结构。研究人员将利用SGI图形工作站建立这些变异蛋白质结构的3D模型,实时分析虚拟显示的结果。具体来说,上海药物研究所利用SGI的超级计算机从事以下研究:分析SARS病毒的染色体排序,识别有可能造成这种传染病的重要蛋白质;预估病毒蛋白质的可能变种;构造病毒蛋白质的3D模型,进行虚拟演示,以期发现抗击SARS病毒的药品化合物;合成药物并虚拟显示3D结构;进行抗病毒测试。
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