从2005到2008年，微软亚洲研究院一直致力于发展与香港学术界的合作研究和课程计划。在这三年中，微软亚洲研究院在加强与现有的一类大学的伙伴关系的同时，与其他一类大学建立起新的伙伴关系。在长期互惠的合作关系基础上，增强彼此的信任和理解。

　　从2000年，微软亚洲研究院与香港高校建立起学术合作关系。合作范围包括研究合作，课程建设，人才培养和其他形式的学术交流。并且双方的合作在每个方面都取得了突出的成就。

    合作高校

　　香港中文大学 (CUHK)

　　香港科学技术大学 (HKUST)

　　香港大学(UHK)

　　联合实验室

　　2000年9月，微软亚洲研究院与香港科学技术大学建立“香港科学技术大学信息技术教育部-微软重点实验室”。该实验室以多媒体和其他信息技术为主要研究方向，是微软亚洲研究院建立的第四个联合实验室，也是第一个在中国大陆之外建立的联合实验室。从此，香港科学技术大学变成微软亚洲研究院的一个重要的学术合作伙伴。

　　2005年5月，微软亚洲研究院在香港成立了第二个联合实验室，即与香港中文大学共同建立的“香港中文大学利群计算及界面科技教育部-微软重点实验室”。研究重点为人机界面。这两所联合实验室在微软亚洲研究院与香港的高校关系方面起到重要的作用。

　　2006年12月，微软亚洲研究院与香港中文大学共同举办“微软亚洲研究院联合实验室”研讨会。来自八个微软亚洲研究院联合实验室的代表共聚香港，分享各实验室的近况和研究项目。中国教育部科技司谢焕忠司长表示：“‘微软亚洲研究院联合实验室’研讨会不仅为各联合实验室提供了绝好的交流机会，更促进了大陆和香港高校间的跨区域交流。”

　　2008年，“香港中文大学利群计算及界面科技教育部-微软重点实验室”被教育部评为教育部-微软亚洲研究院计划重点实验室，并进一步推进了与微软亚洲研究院的合作。

　　　　研究与课程合作

　　在2005、2006和2007这三年中，有多项主题项目诞生，包括高可信度计算，游戏与图形，应用于教学中的移动计算(手写电脑)和互联网服务(搜索)。

　　人才培养

　　为了计算机行业的未来，我们希望看到聪明的学生会选择计算机科学作为他们的专业并接受最好的教育。因此，微软亚洲研究院与高校携手，为学习计算机科学的有天赋的学生提供实习机会，奖学金和其他的学术活动计划。

　　在过去的几年中，微软亚洲研究院每年接受10多名来自香港的实习生。这个数字还在不停地增长。自1999年至今，已有95名实习生来到微软亚洲研究院进行研究工作。

　　2005年，微软亚洲研究院与香港科学技术大学签订合作协议，启动“联合培养博士生项目”，共同指导计算机科学博士生，为香港地区培育新一代信息科技人才。根据双方的合作计划，微软亚洲研究院将推荐合适人选，修读香港科学技术大学计算机科学系博士课程。香港科技大学教授与微软亚洲研究院高层研究人员会共同指导博士生。博士生在香港科技大学修完必修课程及考试后，将到微软亚洲研究院，在香港科技大学和研究院专家的共同指导下，开展研究工作。这项革新项目已经被良好地实行并应用于多所高校。

　　香港学生一直积极踊跃地参加，由微软亚洲研究院提供的“微软奖学金”在香港地区的竞争。从2000年至今，香港科学技术大学已有14名奖学金得主，这一数字超过了其他香港高校。香港中文大学在过去的连续四年中每年至少有一名奖学金得主，这也是非常显著的成果。2006年，香港大学开始加入微软亚洲研究院奖学金项目。从2000年至今，香港共有20名奖学金得主。

　　学术交流

　　微软亚洲研究院的执行官和高层研究人员经常访问香港高校。仅2006年一年，就两度访问了香港科学技术大学、香港中文大学和香港大学。有50多名高校教授和大约800名学生参加了圆桌研讨会，并聆听了关于电子工程和客户服务(EE & CS)的讲座。

　　香港学术机构积极参加微软亚洲研究院举办的活动。15名香港教授参加了2005年在杭州举办的微软亚洲研究院教育高峰会；9名教授参加了2006年在北京举办的微软亚洲研究院主题课程(2006 MSRA Theme Workshop)；13名教授参加了2006年在北京举办的微软亚洲研究院教育高峰会。

　　2005年11月在香港，微软亚洲研究院与香港科学技术大学联合举办了“二十一世纪的计算”大会(21CCC)。在这次大会上，微软研究院的里克•雷斯特博士与沈向洋博士，和许多世界级的计算机科学家发表了重要的讲话。来自香港著名高校的超过500名教授和学生把香港科学技术大学最大的礼堂都挤满了。

　　在与香港科学技术大学和香港中文大学建立联合实验室的同时，微软亚洲研究院也致力于加强与其他香港高校的合作。

　　2005年10月，克雷格•蒙迪，当时的微软首席技术官，在香港大学发表著名演讲。听演讲的学生充满了整个礼堂。沈向洋，当时的微软亚洲研究院院长，于2006年5月在同一个地方发表重要演讲。2006年的晚些时候，洪小文，微软亚洲研究院新一任的院长，带领微软代表团，再次访问香港大学。